En 1946 es fundado el Instituto Geográfico Nacional (IGN), con el nombre de Oficina del Mapa, dependencia del Ministerio de Obras Públicas, siendo el Servicio Geodésico Interamericano, quien proporcionó el material indispensable para su funcionamiento, como es la fotografía aérea, para la realización de sus actividades de campo y gabinete.

La Oficina del Mapa, o sea la Institución Cartográfica en El Salvador, fue formada a insinuación del Gobierno de los Estados Unidos de América, para la preparación del mapa básico de El Salvador a escala 1:50,000, con el fin de tener un conocimiento claro y preciso del Continente Americano, para planificar la defensa intercontinental.

En julio de 1947, fue denominada Oficina de Cartografía y Geografía; y desde 1951 hasta 1955 se le conoció como Dirección de Cartografía.

Cuando se iniciaron las Semanas Cartográficas Centroamericanas, en 1955, se vio la necesidad de convertir a las instituciones cartográficas, en institutos geográficos nacionales, con el fin de poder coordinar, además de las labores cartográficas, otras actividades importantes como son la geografía, la geofísica, la hidrología, los recursos naturales, etc.; aspiración que se vio realizada hasta el día 1º de enero de 1968.

En el año de 1996, el Instituto Geográfico Nacional pasa a formar parte del Centro Nacional de Registros (CNR), el cual fue creado el 5 de diciembre de 1994, por decreto ejecutivo No 62 y publicado en el Diario Oficial No 227, tomo No 325 del 7 de diciembre de 1994; el cual nace debido a la necesidad de modernizar el sistema de administración de tierras de El Salvador. Para cumplir este objetivo, el CNR ejecuta el Proyecto “Modernización del Registro Inmobiliario y Catastro”, elaborado con apoyo de un préstamo del Banco Mundial.

El Instituto Geográfico Nacional (IGN), antes de su integración al CNR y del inicio del Proyecto de Modernización, era el responsable por ley de las actividades catastrales que servían de apoyo para la seguridad jurídica del registro, las cuales habían venido observando un estancamiento desde hacía varios años, y que redundó en una desactualización catastral severa.

Entre otras actividades, el mantenimiento y actualización del Catastro Nacional, en 1998, contaba con información catastral de aproximadamente el 70% del territorio, una franja de aproximadamente 4,000 kilómetros cuadrados en el norte del país, no había sido levantada por problemas de delimitación fronteriza con Honduras, como el conflicto bélico que durante 12 años afectaron a El Salvador y en particular a la zona norte del país.

Para llevar a cabo las diferentes actividades del Catastro al inicio del Proyecto de Modernización, el IGN contaba con equipos ya obsoletos; pero con la creación del Centro Nacional de Registros son fortalecidas las instituciones involucradas, por lo que bajo el marco de integración del proceso registral y catastral, se consideró conveniente que las funciones de mantenimiento catastral pasaran a depender administrativamente de la Dirección de Registros, desligándose del Instituto Geográfico Nacional.

En ese momento, el catastro era visto como una herramienta valiosa para garantizar la seguridad jurídica de la tenencia de la propiedad, por lo que su integración con la Dirección de Registros se creyó lo más conveniente.

El Proyecto de Modernización permitió que tanto la Gerencia de Catastro como la parte restante del Instituto Geográfico Nacional fueran adquiriendo nuevas tecnologías e integrando las nuevas herramientas a sus procesos; el 30 de septiembre de 1999, la Gerencia de Catastro se transforma a Dirección, en vista de la importancia que va adquiriendo como instrumento estratégico para la toma de decisiones en el ámbito interinstitucional y la posibilidad de crear un catastro multifinalitario con las nuevas tecnologías utilizadas.

Desde ese momento, el catastro ya no es visto sólo como apoyo al Registro de la Propiedad y se empiezan a sentar las bases para la creación de un sistema de información geográfico por medio de alianzas o convenios con alcaldías e instituciones públicas y privadas. Mientras tanto, el IGN deja los procesos manuales de producción de cartografía y empieza a digitalizar la cartografía básica nacional en formato digital, con el apoyo de organismos internacionales como JICA (Japanese International Cooperation Agency) y NGA (National Geospatial-Intelligence Agency,ex –NIMA)

El 1° de julio de 2004 y en vista de la transformación y modernización que tuvieron las dos direcciones y con el objeto de realizar una integración horizontal de los procesos y aprovechar al máximo los recursos disponibles, la dirección del CNR decide que la Dirección del Instituto Geográfico Nacional y la Dirección de Catastro vuelvan a integrarse en una sola y formar lo que es conocido ahora como el Instituto Geográfico y del Catastro Nacional de gran proyección nacional e internacional.